El área de gobernanzas surge en el CEE en el 2012 para agrupar el trabajo de acompañamiento a pueblos indígenas y afros que realizan ejercicios de contraloría comunitaria e incidencia local de recursos federales y de programas sociales. También el acompañamiento a ejercicios de autogobierno civil y/o agrario, y a procesos de exigencias específicas; entre ellos, la participación política de las mujeres a nivel comunitario.

Entendemos por autogobierno todas aquellas formas propias de gobierno, es decir acuerdos, normas, leyes o instituciones que son decididas en común por un grupo, comunidad, pueblo y que norman o atañen a la vida pública, social o común.

Los procesos de autogobierno implican la transformación de las relaciones entre las personas, entre hombres y mujeres, y de las personas con la naturaleza, orientada a la priorización de un bien común y a la toma de decisiones colectivas, revalorizando los saberes ancestrales de los pueblos originarios.